Kwiaty męskie pojawiają się już jesienią, wyrastając na końcach tegorocznych pędów. Mają postać długich, zwisających, luźnych wiech. Żeńskie kwiaty mają postać kulistych, szyszkowatych kwiatostanów. Drzewa kwitną przed rozwojem igieł, na terenie Polski w kwietniu. Kuliste szyszki dojrzewają w pierwszym roku i rozpadają się po opadnięciu. Łuski szyszek zawierają pęcherzyki płynnej, czerwonej żywicy o silnym, przyjemnym zapachu.

Uprawa. Cypryśnik błotny jest dość odporny na niskie temperatury. Igły wiosną rozwijają się późno, w pierwszej połowie maja i dzięki temu późne przymrozki nie uszkadzają go. Stanowiska powinny być wilgotne. Odpowiednie są miejsca bezpośrednio na brzegach zbiorników wodnych, wysepek, na podmokłych, bagnistych łąkach. W naszych warunkach rośnie wolno, zwłaszcza młode drzewka. Wymaga miejsc słonecznych. Najefektowniej wygląda sadzony pojedynczo lub w niewielkich, luźnych grupach. Drzewo jest bardzo dekoracyjne, o oryginalnym wyglądzie. Szczególnie atrakcyjnie wygląda jesienią, gdy igły się przebarwiają.